Никонова в 2005 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук. Тема работы — «Стратегическое управление деятельностью предприятий фирменного сервиса: на примере республики Башкортостан». Ее анализ ранее проводили участники сообщества «Диссернет». Они пришли к выводу, что около трети страниц диссертации содержат некорректные заимствования.
Катерина Губа и Михаил Соколов в комментарии «Медузе» также рассказали, что Никонова публиковала статьи в «мусорных» журналах — изданиях, которые берут деньги за публикации и не проверяют качество работ.
Светлана Никонова подписала заключение о том, что учебные программы Шанинки не соответствуют образовательным стандартам, принятым в России. На основании этого заключения Рособрнадзор лишил Шанинку государственной аккредитации. Школа продолжит работу, но не сможет выдавать дипломы государственного образца.
Московская высшая школа социальных и экономических наук (Шанинка) — один из лучших вузов России. Его создал в 1995 году британский социолог Теодор Шанин. Школа выдает выпускникам дипломы университета Манчестера. Ее партнер — Российская академия народного хозяйства и государственной службы (РАНХиГС).
В 2017 году Рособрнадзор лишил лицензии Европейский университет в Санкт-Петербурге — еще один вуз, входивший в число лучших негосударственных учебных заведений. Университету пришлось прекратить работу. Новую лицензию ему не выдали.